1、通常来说，小番茄一般放在通风，干燥，不被阳光直射的地方保存即可，这样味道没有什么变化，而且营养价值也不会流失太多，不过也不宜保存太长时间，保存2—3天即可，买小番茄的时候少买一些，吃完了再买新鲜的，这样不仅味道鲜美，而且营养丰富。
2、冷藏。将小番茄用保鲜袋包上，或放入保鲜盒中，然后直接放入冰箱冷藏即可。由于小番茄在低温下会散发乙烯，会催熟其他果蔬，所以一定要单独用保鲜袋包装好。小番茄在低温下保存，会导致圣女果失去鲜味，而且也容易被冻伤，所以不宜在冰箱冷藏太长时间，最多冷藏10天时间，时间长了营养价值就都流失了。
